氨基柱在含水量多的情況下是很不穩(wěn)定的。也不宜在強(qiáng)酸的環(huán)境下使用。用的是緩沖液則先用水/乙腈清洗再用乙腈，氨基柱其本質(zhì)屬于正相柱，使用氨基柱除了采用正相系統(tǒng)作為流動相以外，一般還采用乙腈-水作為流動相，但是要求乙腈的含量不得低于80%，含水過多的流動相對氨基柱有損害，一般盡量不要用含水過多流動相。建議用小流速的異丙醇沖洗過夜試試。氨基柱是同時可以用于正相條件和反相條件的，這一點很多用戶都已經(jīng)知道；但是要注意到的是：正相溶劑和反相溶劑往往是不互溶的，對這一點的忽略可能會帶給使用者一些麻煩。NH2柱是在硅膠上鍵合一個5碳NH2;CN柱是在硅膠上鍵合一個5碳CN基;NH2.CN都為兩相柱。
氨基柱的清洗：
簡單說起來，正相條件下使用的氨基柱參照硅膠柱的清洗方法；反相條件下使用的氨基柱參照C18的清洗方法。
?。?）平時在正相條件下使用：
首先用50倍柱體積的異丙醇清洗，因異丙醇粘度較大需適當(dāng)放低流速；之后，用50倍的甲醇清洗；之后，用異丙醇過渡回到平常使用的正相流動相，即可。
?。?）平時在反相條件下使用：
緩沖鹽應(yīng)及時沖洗，不能直接用純甲醇沖洗緩沖鹽等，屬常識就不作特別交待。
用50倍純甲醇沖洗；之后，用異丙醇過渡后，用二氯甲烷沖洗色譜柱；之后，再用異丙醇過渡回來到甲醇條件下。
這些清洗方法，主要是針對當(dāng)樣品中有雜質(zhì)逐步吸附累積到填料上時的處理方法，色譜柱表現(xiàn)行為為諸如柱壓增高柱效降低等。
有一種情況是，當(dāng)使用氨基柱進(jìn)行酸性物質(zhì)的分析時，酸性物質(zhì)的存在意味著質(zhì)子的存在，可能會使略帶負(fù)電荷的氨基官能團(tuán)質(zhì)子化，導(dǎo)致使用一段時間后對于某些類的分析物保留性質(zhì)有所改變或表現(xiàn)在柱效下降。建議：用5-10倍的柱體積的含0.5-1.0％NH3的乙腈-水(50:50)溶液沖洗該柱（沖洗后當(dāng)然要再用不含堿的流動相洗去多余氨），之后再進(jìn)行分析這類酸性分析物時建議在流動相中略微添加少許氨如0.1％。
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