微齒眼子菜多年生沉水草本，無根莖。莖細長，直徑0.5-1毫米，具分枝，近基部常匍匐，于節(jié)處生出多數(shù)纖長的須根，節(jié)間長2-10厘米。葉條形，無柄，長2-6厘米，寬2-4毫米，先端鈍圓，基部與托葉貼生成短的葉鞘，葉緣具微細的疏鋸齒；葉脈3-7條，平行，頂端連接，中脈顯著，側(cè)脈較細弱，次級脈不明顯；葉鞘長0.3-0.6厘米，抱莖，頂端具一長3-5毫米的膜質(zhì)小舌片。穗狀花序頂生，具花2-3輪；花序梗通常不膨大，與莖近等粗，長1-4厘米；花小，被片4，淡綠色，雌蕊4枚，于4枚，離生。果實倒卵形，長約4毫米，頂端具長約0.5毫米的喙，背部3脊，中脊狹翅狀，側(cè)脊稍鈍?；ü?-9月。
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